唐,宋时属仁寿乡。

明,清时属五十六,五十七都，1928年设南马镇。

1949年仍称南马镇。

1950年5月分拆成葛府乡,南山乡,华西乡。

1956年3月3乡合并改称南马乡。

1958年9月更名为南马人民公社南马管理。

1961年9月改称南马人民公社管理委员会。

1983年8月复称南马乡。

1985年5月3日重称南马镇，1992年5月明德乡,大阳乡并入。

1995年1月25日金宅,桐坞,荷叶塘,东里塘,后大路,后溪头,双白,街于头8个村划归横店镇。

2003年10月8日防军镇并入。

2007年12月1日，柏塔,官桥,仁棠,路西,荷西泽,中兴联6个村划归横店镇代管。

2017年3月，南新村分设为南新,南城两村；下安恬村分设下安恬,西瑶两村。

2017年8月，南市街道环龙,柳塘,渼陂下3村划归南马镇管辖；同年南城,西瑶,环龙,柳塘,渼陂下五村并入南马镇花园村。