清光绪二十一年（1895），袁世凯在小站练兵期间，将小站改名为新农镇，辛亥革命后复名小站。

1948年12月解放，为小站镇驻地。

1949年1月天津解放，属天津县第六。

1953年设小站镇，属天津市津南郊。

1958年9月划入天津市河西，为小站人民公社。

1959年3月属天津市河西，为小站人民公社小站管理。

1961年12月属天津市南郊。

1964年小站公社析置小站镇。

1966年小站人民公社改为红旗人民公社；小站镇改名工农镇。

1968年3月成立小站镇革命委员会。

1983年撤销公社建制改为小站乡。

1985年6月30日乡镇合并为小站镇。

1992年3月6日属天津市津南。