南北朝梁武帝天鉴八年(509)义阳县建在今元坝；宋,元,明及清道光年间先后隶属牟勒镇,大获乡；清光绪元年隶属东路总保，宣统二年至1933年起属元坝镇；1934年10月红四方面军在天井村建立,乡苏维埃政府；民国属苍溪县第八；1933年10月红四方面军在天井村建立,乡苏维埃；1935年6月后属二；1951年成立元坝乡；1958年9月改为元坝人民公社；1984年2月恢复元坝乡。

1986年改置镇。

1991年将原中土,张王,金壁,店子4乡并入元坝镇。

1994年复置中土,张王2乡。

1997年复置金壁,店子2乡。

2005年5月将张王,金壁,店子3乡并入元坝镇。

2020年，撤销中土镇和石门乡，划归元坝镇管辖。