明《太原县志》称小店堡，清称小店镇属东桥北部，民国元年（1912年）属太原县东北，七年（1918年）属太原二为主村，二十七年属清太徐抗日民主政府太二，三十一年（1942年）日伪称晋泉县小店二公所驻地，三十四年（1945年）属太原县民主政府太二，同期国民党太原县政府复原，建制设小店治村，1948年属太原县人民政府二为驻地，1949年5月属晋源县二为行政村，1951年属太原市第四，1953年属太原市第七为小店乡，1956年属小店读建“火炬”高级社，1957年属郊，1958年属郊小店公社为大队，1960年属小店管理，1970年属南郊小店公社，1984年5月9日属小店镇，成立村委会。

1998年属小店，2013年6月改制为小店，2014年6月29日小店村更名为小店。