清嘉庆七年（1802年），设定远厅东乡从政里偏溪河地。

民国三年（1914年），设镇巴县东偏溪河村。

民国二十五年（1936年），设偏溪河联保2,3保。

民国二十九年（1940年），设观音乡8保。

1950年，设观音巴庙乡。

1958年12月，设巴庙管理。

1961年，成立巴庙公社。

1966年12月，更名为光华公社。

1979年3月，仍复称巴庙公社。

1984年5月，改设巴庙乡。

1996年5月，将小河,庙溪,巴庙,吊钟岩乡合并设为巴庙镇。