北魏景明元年(500年）设县，县境原属商县南部，称南商县，治所层峰驿（今皂角铺），属苌和郡。

隋初撤销南商县并入上洛郡之商洛县。

唐,五代,北宋均属商州之商洛县。

元代属商州直辖。

明成化十三年（1477年），以地处商山之南设商南县，属西安府商州，治所层峰驿。

明成化十七年（1481年）迁至层峰镇（今城关镇）。

清代属直隶商州。

1913年属汉中道。

1935年属第四专员公署行政督察。

1935年红二十五军曾在境内的两岔河,腰庄,七盘磨,梁家坟等地建立了苏维埃政权。

1946年建立鄂豫陕革命根据地。

1947年商洛地委,商洛军分在赵川成立，建立豫陕鄂革命根据地。

1949年属陕南行政公署第二分辖。

1950年5月属商洛专。

1969年属商洛地。

2001年8月属商洛市。

下辖9个镇,1个街道办，18个居民委员会，108个村民委员会。