南堡寨村是一个古老的村庄，建于清朝嘉庆年间，当时属于咸宁县杜曲社管辖。那时，关中地回民起义，兵荒马乱，南堡寨就是一座易守难攻的堡寨。

20世纪90年代，南堡寨村已有上百户人家搬到神禾原下。2000年，该村村委会决定，全村搬到原下。2009年该村被评为新农村建设示范村。

现在的南堡寨山清水秀，风景秀丽，一派江南的景象。全村有五个村民小组，共有382户，1469人，耕地有1100余亩，主产小麦,玉米,稻谷,油菜等。

2020年8月，南堡寨村入选第二批全国乡村旅游重点村名单。