建国前，镇内村庄除屯里,大胡村东西大街以北属曲阜外，其余皆归属邹县管辖。

南部村庄属土旺社，北部属大胡社，东部属鲁源社。

民国时期为邹县二。

1945年12月划归曲阜第五。

1946年4月，曲泗县第五公所改称曲阜县第五公所，机关驻南辛村。

1948年7月，邹县南辛划归曲阜县。

1949年为南辛，下设13个乡。

1950年8月，南辛委改称第五委。

1955年5月又改为南辛委。

委驻南辛村。

1956年8月，南辛下设南辛,魏庄,夏宋,息陬4个乡。

1958年9月成立南辛人民公社。

原南辛及所辖的南辛,魏庄乡撤销。

1965年8月，人民公社体制调整，原南辛人民公社改称南辛。

下设南辛,余村,鲁源,曼山,魏庄5个公社。

1968年，改为公社，原5个公社改称生产管理。

1970年成立尼山公社，1984年5月公社改，南辛辖南辛镇,尼山乡,曼山乡。

1985年10月尼山乡从南辛划出，列为县直属乡，辖3个管理片,19个行政村。

1986年6月撤县改市，南辛改称镇，辖3个管理片,23个行政村。

2000年12月，乡镇规模调整，原尼山乡,原南辛镇合并组成新的南辛镇，辖南辛,曼山,余村,库西,库南,库北6个管理片，42个行政村。

2011年5月18日，经山东哪里有学泥瓦工培训培训班,人民政府（鲁政函民字〔2011〕18号文）批准，将南辛镇更名为尼山镇至今。

2020年行政村建制优化后辖29个村委会。