明清时期，干洲片属从善乡，岗前片属建康乡。

1929年，建康乡属一三溪联保，从善乡属一干洲联保。

1932年，建康乡改属一六分乡（后改界竹乡），从善乡改属六干洲乡。

1935年，干洲乡属一，界竹乡未变。

1945年，界竹,六分,干洲被分别设乡。

1946年，六分乡并入界竹乡，干洲未变。

1949年建康乡属三界竹乡，从善乡属三干洲镇。

1956年，界竹乡被拆分为属赤岸的赤墎乡和三溪乡，干洲镇仍属赤岸。

1957年，赤墎乡和三溪乡合并为岗前乡，干洲镇改称干洲乡。

1958年，岗前,干洲两乡合并为干洲人民公社。

1961年又拆分为岗前和干洲两个人民公社。

1968年合并为干洲人民公社。

1983年冬，干洲人民公社改称干洲乡。

1986年4月干洲乡改称干洲镇。