皂河古镇于明末清初渐成集市，是一座具有近四百年历史的“文化古镇,水乡古镇”，清道光年间（1821-1850年），属顺德乡。

1912年，为皂河乡，先后属第七,一。

1937年，先后属泗宿县皂河,第五。

1949年，划归宿迁县，为皂河皂河镇。

1954年9月改为县直属镇。

1957年1月，撤并乡时，由皂河镇,刘甸乡,王营乡组成皂河乡，属运河。

1958年为皂河公社。

1983年为皂河乡。

1985年为皂河镇。

2000年5月，滨河镇,骆马湖乡并入皂河镇。

2021年3月，黄墩镇并入皂河镇。