元朝属西乡。

明朝属甘泉里。

清朝域内划为石管铺和郝枧铺。

民国初期域内为西乡，1941年7月域内划为花桥,中和,宁远3个乡，1947年3月花桥乡与中和乡下4保合并为中和乡，中和乡上4保与远宁乡合并为远北乡。

1948年8月域内为南远第四，辖石桥坪,分乡,雾渡河。

1948年10月将现嫘祖地西部划为六。

1949年5月远安县将四六合并为荷花，随后更名为荷花公所。

1952年7月后又更名为第四公所。

1955年1月复为荷花公所。

1956年3月撤消公所设立县辖荷花,西河,青峰,望家四个管理。

1959年4月公社化时设荷花，辖荷花,西河,青峰,望家四个公社。

1975年撤并社，荷花,西河公社为荷花公社，青峰,望家为望家公社。

1980年荷花公社驻地由苟家垭村迁往分水村原矿务局车队。

1984年3月，荷花公社,望家公社合并为荷花，镇治随后又从水分村撤回驻苟家垭村。

1985年10月荷花更名为苟家垭（镇）。

1987年10月，将辖荷花乡,盐池河乡,苟家垭镇合并苟家垭镇；青峰,真金,望家三乡镇合并为望家乡。

2001年4月苟家垭镇与望家乡合并为荷花镇。

2014年10月更名为嫘祖镇。