明初称烈楼都，属琼山县五源乡。

清康熙年间（1662~1722年），烈楼分为一,二都。

清雍正年间（1723~1735年），烈楼一都改称烈楼都，二都改称凤楼都，在长流墟以南新设兴政都。

民国初，以图代都。

20世纪30年代烈楼,凤楼,兴政三图合并为烈楼乡。

民国三十四年（1945年），改名那流乡。

民国三十六年（1947年），改名长流乡。

1950~1957年，属琼山县第五。

1958年，成立长流公社，划归海口市。

1961年，析出荣山,新海2公社。

1968年，新海公社并入长流公社。

1983年，改为长流公所。

1986年，改为长流镇。

2002年7月，新海乡的镇海村并入。