清末,南吕地为定安县南乡南黎都。
民国十七年至民国三十五年(1928~1946年),属定安县。
民国三十七年(1948年)3月,划归琼中县。
1949年,划归定安县定西特别辖。
1957年,撤并乡,设南吕乡。
1958年,与枫木,乌坡合并成立钢铁公社(后改为南吕公社)。
1961年5月,大公社改为小公社,南吕管成立南吕公社。
1983年12月,恢复乡建置,称南吕。
1987年3月,撤建乡镇,南吕改称南吕镇。