明代时期，黑土镇境域属朵你则溪。

清代时期，属太平里八甲。

民国初期，属南。

民国三十三年（1932年），设黑土镇，属六。

民国二十四年（1935年），属四蒙梭联保八保。

民国三十三年（1944年），属岭南乡。

1950年1月，属五；同年6月，属八。

1952年2月，设乡，属十二。

1958年9月，成立设公社。

1959年1月，改为管理。

1961年8月，恢复为公社。

1967年12月，成立革命委员会。

1992年1月，为黑土乡。

2016年，撤销黑土乡，设置黑土镇。