清代属宜山县归善乡上里地，民国初期划为宜山县第四，民国22年改称石别，民国31年撤划为石别乡。

解放后，最初为里苗石别乡，1950年划为宜山县第五（石别），1955年石别属的同意,宜州,翁同,龙候,京口,金满,板磨,大宿,塘怀9个乡划归都安瑶族自治县。

1957年撤并乡为石别乡。

1958年成立先锋（石别）人民公社，1962年北山公社并入石别公社，同年秋改为石别，1966年仍为石别公社。

1984年改为石别乡。

1987年分出部分村屯成立北山乡。

1998年撤乡建镇为石别镇。

2005年宜州市撤并乡镇后拉并村委并入石别镇。

2010年，石别镇辖1个，10个村委，107个自然屯。