清光绪三年（1877年），设蒲津乡，属南宁府宣化县。

民国二十一年（1932年），改称邕宁县蒲津。

民国二十二年（1933年），蒲津乡改为蒲津，属八尺。

1950年6月，蒲津镇改蒲津乡，属邕宁县第三。

同年8月，邕宁县迁治蒲庙，属南宁专。

1951年3月，蒲津乡改属邕宁县第三属第一。

同年8月，邕宁县迁治今南宁市兴宁五塘镇。

1952年8月11日，邕宁县改属桂西僮族自治宾阳专。

1953年1月，邕宁县又复迁治蒲庙。

1955年8月，设蒲庙。

1956年3月2日，邕宁县改隶桂西僮族自治州；次年12月20日，邕宁县改属邕宁专。

1958年2月，蒲庙改为蒲庙乡。

同年8月，蒲庙乡与新江,那秀乡合并设星火公社。

11月14日，邕宁县改属南宁专。

1959年4月，星火公社改为蒲庙公社。

1961年5月，蒲庙公社改为蒲庙。

1968年12月，蒲庙撤改为蒲庙公社。

1971年，邕宁县改属南宁地。

1980年1月，蒲庙公社析置蒲庙镇。

1983年10月8日，邕宁县改隶南宁市。

1984年9月，蒲庙公社改为蒲庙乡。

1987年10月，蒲庙乡撤销并入蒲庙镇。

2004年9月，蒲庙镇改隶南宁市邕宁。