马头镇墟市始建于清初，位于福水,乌石岗,军屯地交界处的新丰江畔，因墟镇的西北有一小山，形似马头而得名。

1959年因国家建设新丰江水库，墟市属水淹，故迁移至湖塘村建新墟，并建镇治所。

马头镇属地在明清时属长吉都的黄猄牙约,锡场约,严层约。

民国时期属二。

新中国成立后，属第二（1957年6月大席划归连平县管辖）。

1958年撤改乡时属马头乡（层坑乡于1958年1月与马头乡合并为马头乡），后改为马头公社。

1962年6月，大席划回马头公社管辖。

1983年撤公社建时，改为马头。

1986年12月，改为马头镇。

2005年12月，石角镇属地与大席镇属地并入马头镇。