南磜镇从明末建县时称獠头，与石寨统称为石寨乡。

民国十年（1921年），仍称石寨乡，属县第五。

实战型人民共和国成立初期，划为第四，石寨分为南磜,北礤两个乡。

1958年，蕉梅合县后并入梅东人民公社。

1961年3月，分出南磜人民公社，域包括北礤乡。

是年9月，南磜人民公社分出北礤人民公社。

1983年，撒社成立南磜。

1987年，成立南磜乡。

1993年10月，撤乡改称镇。

2004年10月，撤销北礤镇，并入南磜镇。