贝墩自秦朝赵佗在龙川建县以来，隶属龙川县。

设县治至和平始，贝墩为和平县所辖，属和平广三图。

清光绪三年（1877年），实行保安局,约制，县城设总局，下设8个分局，贝墩是其一。

清光绪十五年（1889年）始建贝墩约场。

民国十七年（1928年）贝墩为第三（名曰四约）。

民国二十年（1931年），奉令举办自治。

1949年共和国建立后，成立贝墩乡人民政府。

1952年，联彭寨,粮溪,古寨,安垇,优胜鱼溪为第四。

1958年，改为四联人民公社。

1959年，四联人民公社分出彭寨,贝墩1个人民公社。

1961年，贝墩人民公社分出贝墩,古寨,安坳3个人民公社。

1962年，设贝墩人民公社。

1983年，改名为贝墩。

1987年，改为贝墩镇。