1958年4月，樊家庙村隶属于樊家庙乡。

1958年9月，樊家庙,肖原,城关三个乡合建为庆丰公社，樊家庙村改称樊家庙大队隶属于庆丰公社。

1961年5月，增设玄马人民公社管委会。

1962年2月，增设贾桥人民公社管委会。

1965年2月，贾桥,玄马两公社合并为玄马公社，樊家庙大队隶属于玄马公社。

1968年3月，成立玄马人民公社革委会，樊家庙大队隶属关系未变。

1980年6月，玄马人民公社革委会改名为玄马人民公社管委会，樊家庙大队隶属于玄马人民公社管委会。

1983年12月，玄马人民公社管委会改为玄马乡人民政府，樊家庙大队改称樊庙村民委员会。

2003年1月，撤乡建镇，改称玄马镇人民政府樊庙村民委员会至今。