1955年11月，鸭浴沟,牟家庄,张家肴乡三个乡合并为药王洞乡，药王洞村隶属于药王洞乡。

1958年4月，药王洞乡并入城关乡，药王洞村隶属于城关乡；同年9月，樊家庙,肖原,城关三个乡合建为庆丰人民公社，药王洞村改称药王洞大队隶属于庆丰人民公社。

1962年2月，庆丰人民公社改名为城关公社，药王洞大队隶属于城关公社。

1965年2月，组建莲池公社，药王洞大队隶属于莲池公社。

1968年2月，成立城关镇革委会，3月，成立莲池公社革委会。

1979年12月，药王洞大队从莲池公社析出划归城关镇。

1981年7月，城关镇革委会改名为城关镇人民政府，药王洞大队改称药王洞村民委员会属之。

1985年1月，城关镇人民政府改名为庆城镇人民政府，药王洞村民委员会隶属于庆城镇人民政府至今。