明清时期称岐阳乡，清末民初称“合北里东岐乡”属闽侯县管辖。

民国时属林森县闽亭镇管辖。

解放后，东岐先后隶属闽侯县第三,马尾和亭江。

1956年东岐高级社，1958年东岐大队，1961年12月改属福州市郊。

1963年1月至1969年11月为亭江闽安公社东岐大队，1971年3月隶属福州市马江亭江公社。

1975年5月又改属福州市郊亭江公社。

1984年9月为福州市郊亭江乡东岐村。

1988年12月至1995年11月为福州市郊亭江镇东岐村，1995年11月改属福州市马尾亭江镇。