明清时期设水南都。

1931年—1934年设水南苏维埃政府。

1934年水南都改保，设水南,谿南保，为第一署驻地，属桃溪联保，1939年属古镛镇。

1950年3月设新南乡，属第一（城关）。

1952年8月，新南乡改名水南乡。

1958年10月，水南乡改大队，属红星（城关）公社。

1959年12月，设水南综合农场，辖6个管。

1970年11月，与城关公社合并为水南公社。

1979年6月，改水南综合农场。

1998年1月，改为水南镇。