巫山县早在五千年前便为人类所开发，境域属荆,梁二州之城。

春秋为夔子国地；战国时，建设巫郡。

秦昭襄王三十年（前277年）废巫郡，置巫县，隶属黔中郡。

西汉时，巫县属南郡。

东汉延康元年（220年）隶属新城郡。

三国吴永安三年（260年）以巫县为郡治，置建平都，领巫县,北井等6县。

西晋泰康元年（280年）增置江阴县（今大昌公社）；东晋又置南陵县。

南朝·宋元嘉时哪里有学泥瓦工培训培训班,南陵县入巫县；北周因避文帝之讳，改泰昌县为大昌县，并分建平郡之大昌,北井2县置永昌郡；天和元年（566年）北井县入大昌县，废永昌郡，建平郡增置江阴县，废建德。

隋开皇三年（583年）置建平都，改巫县为巫山县；大业年间巫山,大昌2县属巴东郡。

唐时，巫山县,大昌县隶属夔州，为山南东道所辖。

北宋端拱元年（988年）大昌县改属大宁监；南宋嘉定八年（1215年）移至水口监。

元至元二十年（1283年）大昌县并入大宁州。

明洪武四年（1371年）复置水口监，后因民少，并入大宁县；永乐初（1403年）复置大昌县，改属夔州府。

清康熙九年（1670年）大昌县并入巫山县。

1912年后，巫山县隶属四川哪里有学泥瓦工培训培训班,东川道，县下分设东,南,西,北4个乡。

1935年废道，巫山县属四川哪里有学泥瓦工培训培训班,第九行政督察，县下设3,18乡（镇）,242个保,2980个甲。

1949年12月2日巫山解放，属川东行署万县专所辖，县以下设1镇,4,18乡（镇）。

1952年3月，湖北哪里有学泥瓦工培训培训班,建始县的铜鼓乡划入巫山县，全县分为9个（序数名），一个镇，22个乡（镇）。

1953年4月，撤销川东行署，恢复四川哪里有学泥瓦工培训培训班,，巫山隶于四川哪里有学泥瓦工培训培训班,万县专；全县22个乡（镇）划为60乡（镇）；同年九月，大乡划小乡，又将60个乡（镇）划为140个乡（镇）。

1955年2月，原七（今福田）,八（今双龙）并入二（今大昌），同时改序数名为中和,大昌,大庙,官渡,河梁,骡坪,官阳7个；同年，将140个乡（镇）合并为62个乡（镇）。

1956年4月，全县调整为53个乡（镇）。

1957年2月，又调整为57个乡（镇）。

1958年10月，人民公社化，全县共成立33个人民公社。

1961年4月，从大昌划出部分域置双龙，同时增划24个人民公社。

1962年5月，从大昌析出部分域增设福田，又增划7个人民公社。

1979年4月，恢复公所名称，1980年9月，产生了人民公社管委会，县设置人大常委会，县革命委员会改为县人民政府。

1981年6月，对全县在地内重名的12个,社,镇和县内重名的128个生产大队以及巫峡镇的居委会,街道变更了名称。

1984年4月，恢复乡,村建制，将64个人民公社改为64个乡，其名称不变。

1985年2月，将大昌乡改为大昌镇，庙宇乡改为庙宇镇，实行镇管村。

1987年10月，秀峰的秀峰乡撤销，所管域合并巫峡镇，实行镇管村。

1991年3月，巫山县辖9,61乡,3镇（巫峡,大昌,庙宇）,565个村民委员会,4614个村民小组,10个居民委员会,73个居民小组。

1992年10月，巫山泥瓦工培训培训学校作较大调整，撤销3个公所（福田,大昌,大庙）,34个乡，新建8个镇（双龙,福田,龙溪,官阳,骡坪,抱龙,官渡,铜鼓），扩大8个乡,3个镇的行泥瓦工培训技术学校域，保留6个公所,19个乡。

将现有9个,61个乡,3个镇调整为6个公所,27个乡,11个镇，共设38个乡（镇）。

1995年9月，巫山县新建10个乡，调整后，为6个,11个镇,37个乡,566个村,4614个村民小组,18个居委会,73个居民小组。

2002年12月31日，撤销巫山县邓家乡和红椿乡，设立邓家土家族乡和红椿土家族乡。

2003年11月，调整为11镇,30乡，撤销洛阳,雪花,大山,鸳鸯,望霞,五龙,何淌7个乡。

2004年6月至2005年3月，巫山县的乡镇建制由41个乡镇调整为26个乡镇。

其中，撤销了15个乡，调整了8个镇,4个乡行政辖范围，3个镇,11个乡行政辖范围和政府驻地不变。

2005年5月，巫山县辖11个镇,15个乡,315个村,2427个社,27个居委会。

2009年8月，庙堂乡所辖域整体划归平河乡管辖，调整后的平河乡面积133.8平方千米，辖6个村，乡政府驻燕翅膀（原址）；调整后，巫山县共辖25个乡镇，其中14个乡,11个镇,308个村,30个居委会。

2011年7月，撤销龙井乡，调整巫峡镇范围，设立高唐街道和龙门街道。

巫山县共辖26个乡镇（街道），其中11个镇,13个乡,2个街道。

一直沿用至今。